「自然人」による分類
リンネは、性的システムが彼が志向した「植物学の改革」への彼の主な貢献であるとは考えていませんでした。彼の主な貢献は、植物の分類と命名において従うべき原則と規則を構成する小冊子、Fundamenta Botanica（1736;「植物学の基礎」）の形で提供されました。
1735年にリンネは、リンハーをオランダの東インド会社と密接な関係を持っていた地元のイギリス人商人であり銀行家でもあったジョージクリフォードに紹介したブールハーヴェに会いました。リンネの知識に感銘を受け、クリフォードはリンネに植物園のキュレーターとしての地位を提供しました。Linnaeusはこの立場を受け入れ、この機会を利用して、Fundamenta Botanicaの特定の章を別の出版物で拡大しました。BibliothecaBotanica（1736;「The Library of Botany」）; Critica Botanica（1737;「植物学の批評」）、植物の命名法; そしてクラスPlantarum（1738年;「植物のクラス」）。彼はこれらの本に記載されている理論的な枠組みをさらに2つの出版物に適用しました。HortusCliffortianus（1737）、クリフォードのコレクションに含まれる種のカタログ。そしてGenera Plantarum（1737;「Genera of Plants」）は、Tournefortによって最初に提供された植物の属の定義を変更および更新しました。
ジェネラプランタルムは、リンネによって彼の最高の分類学上の成果であると考えられました。他の植物学者による一般的な定義での以前の試みとは対照的に、任意の区分のセットによって開始されたのに対し、Plantarum属は、Linnaeusが属の「自然な性格」と呼ぶものに基づいたシステムを提示しました。任意の分割に基づくシステム（彼自身の性的システムを含む）とは対照的に、自然の特性に基づくシステムは、海外の取引所やコロニーからヨーロッパに流入する、しばしば異なる形態学的特徴を有する新種の増加に対応できます。
しかし、リンネの生物の人工的分類と自然分類の区別は、生物が自然階層に分類されることを可能にするメカニズムの問題を提起しました。彼は種に関してのみこの質問に答えることができました：Linnaeusによると、種は世界の初めに神によって作成された同じ親のペアに由来するため、形は似ていました。彼の同時代人の多くは、同様の種の概念を共有していました。そのような著名な人物の1人は、フランスの博物学者、ジョルジュルイルクレールドブッフォンでした。彼は当時、同様の包括的な自然史プロジェクトに従事していたのですが、ブッフォンは自然の属、秩序、階級の存在を疑っていました。リンネはハイブリダイゼーションの文脈の中でこれらの分裂の存在を説明しようとした。しかし、自然階層の問題は、英国の自然学者チャールズダーウィンが彼の種の起源（1859）の共通の家系によって類似性を説明するまで、満足のいく答えを受けません。
