中央アメリカの独立は1821年9月15日に最初に宣言されましたが、メキシコはその地域を2年間征服しました。1823年8月21日に新たに独立した中央アメリカの統一州の旗が採用され、中央に国章が付いた青白青のストライプで構成されました。これらのアームには、基本的にニカラグアが現在使用しているものと同じデザイン要素が含まれていました。連邦の5つの加盟国が独立国になった後も、ニカラグアは引き続き古い旗を掲げました。最後に、1854年に、新しい水平ニカラグアの黄白色緋色のトリコロールが選択されましたが、長時間飛行しませんでした。その後、南北戦争と北米のフィリバスター（軍事冒険家）の介入により、多数の旗が導入され、すぐに置き換えられました。
1908年に、古い連邦旗が紋章に適切な変更を加えて、ニカラグアの国家旗として再採用されました。紋章がさらに変更されたその基本的なデザインは、1971年8月27日の法律によって再確認されましたが、サンディニスタ運動の赤黒の水平二色は、実際にはサンディニスタ統治時代（1979年）に二次国旗でした–90）。旗の紋章には、平等のための三角形、自由のための自由キャップ、2つの海の間の5つの火山が含まれ、大西洋と太平洋の海盆の間の5つの元の中米諸国を象徴しています。
